明朝地图，南明疆域变化图

1662 年四月，永历帝被绞杀于昆明。李定国军得知永历皇帝被清军俘杀的消息伤心备至、不久发病死于景线。其部下不久便纷纷降清。1662 年二月， 在东南率军渡海的郑成功收复荷兰人盘踞三十余年的台湾岛，在海外另辟乾坤。

1662 年永历朝廷覆亡后，只有东南沿海郑成功、张煌言部和川东鄂西的夔东十三家还在坚持抗清。1663 年正月初一，清朝发三路大军会剿夔东，双方在山险岭峻之地鏖战九月，均损失惨重。十一月，清军调西安满兵经汉中入川，助攻夔东。夔东十三家最终不敌，刘体仁自缢，袁宗第、郝摇旗被俘，夔东抗

抗清基地失陷。至此，明室在大陆已无寸土。郑成功在收复台湾的次年，即 1663 年五月病卒，其子孙郑经、郑克塽相继保有台湾。清康熙二十二年，清朝水师大举攻台，郑克爽不敌，于 1683 年降于清朝。