2001年日本天皇称自己的先祖是韩国人

1947年他转入京都大学开始日本古代史的学习，毕业后历任高中教师、京都大学助教授，1971年成为京都大学教养部(现京大人间环境学部)教授。京大任教期间，上田先生培养了大批现今活跃在日本古代史、日朝关系史等研究领域内的知名学者。

根据上田本人的回忆，他年轻时的梦想是当一名外交官，而对历史学产生兴趣则源自中学时代的班主任借给他的一本著作——早稻田大学元教授津田左右吉的《<古事记>及<日本书纪>的研究》(当时被列为禁书)。受到津田史学启蒙的他在此后数十年的学术研究中也一贯坚持了津田对《古事记》《日本书纪》中神话部分的文献持批判态度的观点。