2001年日本天皇称自己的先祖是韩国人

上田在国学院念书时正是二战中东京大空袭最频繁的时期，空袭中他的很多同学都不幸遇难。2015年上田在接受二战结束70周年的采访中曾经这样说道：“大家都说这是为了天皇的战争，可这场战争带来的是更多的苦难。我的日本古代史研究就是从这样一片被空袭烧焦的荒野上开始的。”在对战争的恐惧和皇国思想压迫下，学生时代的上田开始反思“什么是天皇制”。这也成为他随后进入京都大学从事古代史学习和研究的契机。

像上田正昭这样既为历史学研究者，同时又持有日本神官资格的人在那个时代几乎是不存在的。早年在国学院的学习经历，使得他在日本神话、神道学上的造诣颇深。除了出版有大量日本古代神话和神道的书籍外，他作为小幡神社宫司也是恪尽职守。