太平军包围琉璃塔成炮台 内讧中被炸毁

然而，在太平军的攻城战斗中，这座举世闻名的宝塔却被赋予了另外一种“使用价值”。太平军在各城门外都设有军营防守，其中以城南聚宝门外的雨花台军营最大，整个大报恩寺包括琉璃塔都被军营包围。清代涤浮道人在《金陵杂记》中这样记录：“山上各庙宇僧房悉圈在内，又在山顶砌有望楼一座，挺立山巅，高与报恩寺塔并峙”。

张汝南《金陵省难纪略》记载，攻城的太平军“运仓圣庙中之炮，置报恩寺第三层，向城轰击。城内开炮对轰，砰礴之声，一日不绝”。汪士铎撰写的《光绪江宁府志》卷八也写道：“咸丰三年(1853)正月二十四日，发匪踞塔，俯瞰城中，施炮，炮弹有落中正街者”。壮丽的琉璃塔此时显然已经成了太平军用来监视南京东郊孝陵卫清江南大营的重要凭依。